时间同步氢原子频率标准稳定度好，氢原子频率标准取样时间10秒以上的频率稳定度是上述几种频率标准中较好的。

　　时间同步氢原子频率准确度较铯原子频率标准差，氢原子频率标准由于受壁移，二级多普勒效应和腔牵引等因素的影响，使其频率准确度不如铯原子频率标准。

　　腔牵引的影响如下式所示：(V1-V0)/V = (Vc -V0)/V *Qc/Ql, V为原子跃迁频率，Vc为谐振腔频率;Qc 为谐振腔的Q值;Ql 为原子跃迁谱线的Q值。Qc = 4000，Ql = 1.0e+9时，若要求频率相对偏移小于10E-13,则腔的频率必须调整在5HZ以内。腔牵引的影响可以在出厂前通过腔调谐予于修正，但是运输，环境温度变化等因素以及原子束强度变化等又会产生腔引力。因此有的氢原子频率标准已采用腔自动调谐这种自适应方式来消除腔牵引的影响。

　　时间同步氢原子频标体积大，重量重。氢原子频率标准由于受其工作机理的限制，体积和重量是三种工程应用频率标准中较大的，因此它的应用场合受到了限制。为了改变这一状况，现在已经有了小型化氢原子频率标准和被动型氢原子频率标准的产品。虽然减小了体积和重量，但是其指标也差一些。